Dr. Ellen Ueberschär wurde 1967 in Ostberlin geboren. Nachdem ihr die Aufnahme eines Medizinstudiums staatlicherseits verweigert wurde, absolvierte sie zunächst eine Ausbildung als Facharbeiterin für Datenverarbeitung, bevor sie 1988 begann, an der Theologischen Hochschule in Ost-Berlin Theologie zu studieren.

Nach Stationen in Heidelberg und Berlin legte Ellen Ueberschär 1995 das Erste Theologische Examen ab. Bis 1997 Stipendiatin der Studienstiftung des Deutschen Volkes, arbeitete sie bis 2001 als wissenschaftliche Mitarbeiterin am Fachbereich Theologie der Philipps-Universität Marburg. Ihre Promotion über evangelische Jugendarbeit in der SBZ und DDR folgte ein Jahr darauf. Ihre theologische Ausbildung vervollständigte sie mit Stationen in der Berliner Kirche, u.a. an der Evangelischen Akademie zu Berlin. Zeitgleich arbeitete sie an unterschiedlichen Projekten zur Aufarbeitung der DDR-Geschichte, u.a. bei der "Stiftung Aufarbeitung" in Berlin über junge Christen als Opfer politischer Verfolgung. 2004 wurde sie zur Pfarrerin ordiniert.

Bis Anfang 2006 war Ellen Ueberschär Studienleiterin für Theologie, Ethik und Recht an der Evangelischen Akademie Loccum und von 2006 bis 2017 Generalsekretärin des Deutschen Evangelischen Kirchentages. In dieser Funktion verantwortete sie sechs evangelische Kirchentage sowie einen ökumenischen Kirchentag. Seit Juli 2017 ist Ellen Ueberschär, gemeinsam mit Barbara Unmüßig, Vorstand der Heinrich-Böll-Stiftung.

Zu ihren zahlreichen ehrenamtlichen Tätigkeiten gehörte von 1990 bis 1992 die Mitarbeit im "Kuratorium für einen demokratisch verfassten Bund deutscher Länder". Sie war Mitglied der Synode der Evangelischen Kirche in Deutschland und ist Vorsitzende des Beirates der Point-Alpha-Stiftung. Außerdem ist sie Mitglied des Domkapitels des Doms zu Brandenburg.

Der Heinrich-Böll-Stiftung ist Ellen Ueberschär seit vielen Jahren verbunden. Zunächst als Stipendiatin, dann als Mitglied der „Grünen Akademie“ wie auch in den Jahren 2004 bis 2012 als Mitglied im höchsten Organ der Stiftung, der Mitgliederversammlung.

Im Jahr 2003 erschien ihr erstes Buch mit dem Titel „Junge Gemeinde im Konflikt. Evangelische Jugendarbeit in SBZ und DDR 1945 – 1961“. 2012 veröffentlichte sie ihr zweites Buch: „Fürchtet euch nicht! Frauen machen Kirche“ im Kreuz Verlag. Ihr im März 2017 erschienenes Buch trägt den Titel „religiös und ruhelos“.

Ellen Ueberschär ist verheiratet und hat eine Tochter.

Als Vorstand der Heinrich-Böll-Stiftung ist sie verantwortlich für die Inlandsarbeit der Stiftung sowie für Außen- und Sicherheitspolitik, Europa und Nordamerika. Außerdem betreut sie das Studienwerk, die "Grüne Akademie", einen ‚think tank‘ von Wissenschaftler/innen und Politiker/innen, sowie das Archiv "Grünes Gedächtnis", ein zeitgeschichtliches Archiv der Grünen und der neuen sozialen Bewegungen.